Mε το ΠΔ 98/2012 (ΦΕΚ 160/10-08-2012) μεταφέρονται στο ΥΠΑΑΤ ως σύνολο υπηρεσιών, αρμοδιοτήτων, οργάνων και προσωπικού καθώς και με τους οργανισμούς και φορείς που εποπτεύουν :
1. η Γενική Διεύθυνση Αλιείας
2. οι ειδικές αποκεντρωμένες υπηρεσίες αλιείας σε επίπεδο τμήματος
3. η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης Επιχειρησιακού Προγράμματος Αλιείας
4. η Ειδική Υπηρεσία Εφαρμογής Δράσεων Επιχειρησιακού Προγράμματος Αλιείας
5. το Συμβούλιο Αλιείας
6. Ο σταθμός ελέγχου αλιευτικών προϊόντων αεροδρομίου Αθηνών
Αρμόδιος για τον τομέα της αλιείας είναι ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, κ. Αθανάσιος Τσαυτάρης.