H διατήρηση της καλής ποιότητας των Ελληνικών θαλασσών καθώς και η προστασία των θαλάσσιων οικοσυστημάτων και της βιοποικιλότητας είναι βασικά στοιχεία και προϋποθέσεις για τη βιώσιμη ανάπτυξη της χώρας. Επηρεάζει άμεσα την ποιότητα ζωής στις παράκτιες περιοχές και τα νησιά, τον τουρισμό, αλλά και τομείς όπως η αλιεία και οι ιχθυοκαλλιέργειες.
Προς την κατεύθυνση αυτή, στις 11 Ιανουαρίου 2017 δημοσιεύθηκε σε ΦΕΚ (Β΄ 11) η υπ’ αριθμ. 126856/2017 Κοινή Υπουργική Απόφαση «Ορισμός αρμόδιων φορέων για την παρακολούθηση της ποιότητας των θαλάσσιων υδάτων και καθορισμός των υποχρεώσεών τους, σύμφωνα με το άρθρο 19, παράγραφος 1 (περιπ. στ) του ν. 3983/2011 (Α' 144)».
Με την παραπάνω απόφαση ορίζονται ως αρμόδιοι φορείς για την παρακολούθηση της ποιότητας των θαλάσσιων υδάτων το Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών (ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε.) και το Ινστιτούτο Αλιευτικής Έρευνας (ΕΘΙΑΓΕ ΙΝΑΛΕ).
Οι φορείς αυτοί με τη συνεργασία εξειδικευμένων εταίρων τελούν υπό την εποπτεία, το συντονισμό, την αξιολόγηση και τον έλεγχο της Ειδικής Γραμματείας Υδάτων του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας, ώστε, με συνεχή εκτίμηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων να λαμβάνονται μέτρα για την επίτευξη της καλής περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων στο πλαίσιο της εθνικής στρατηγικής για τη θάλασσα.
Πριν την έκδοση της παραπάνω ΚΥΑ, δημοσιεύθηκε η υπ’ αριθμ. 126635/2016 Απόφαση του Αναπληρωτή Υπουργού Περιβάλλοντος και Ενέργειας, Σωκράτη Φάμελλου (Β΄ 3799) για την «Έγκριση των προγραμμάτων παρακολούθησης για τη συνεχή εκτίμηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων του άρθρου 11 του Ν. 3983/2011 (Α΄ 144»).
Τα προγράμματα συνεχούς παρακολούθησης των θαλασσίων υδάτων προβλέπονται στο άρθρο 11 της Ευρωπαϊκής Οδηγίας 2008/56/ΕΚ (Οδηγία-Πλαίσιο για τη Θαλάσσια Στρατηγική) και καλύπτουν τις απαιτήσεις 11 Περιγραφέων (Descriptors) ποιότητας.
Περιλαμβάνουν ακόμα πληροφορίες για το δίκτυο των σημείων παρακολούθησης, τη συχνότητα των δειγματοληψιών και το είδος των προς παρακολούθηση επιμέρους επιστημονικών παραμέτρων (κριτήρια και δείκτες) για κάθε Περιγραφέα, σύμφωνα με τα Κείμενα Κατευθυντήριων Γραμμών (Guidance Documents) της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Σε εφαρμογή συναφών διατάξεων της εθνικής και ευρωπαϊκής νομοθεσίας καθώς και διεθνών συμβάσεων και συμφωνιών, στα προγράμματα παρακολούθησης περιλαμβάνονται τα παρακάτω δίκτυα:
α) το δίκτυο των θαλάσσιων περιοχών NATURA (κατ’ εφαρμογή των υπ’ αριθμ. 33318/3028/1998 και 37338/1807/2010 Κοινών Υπουργικών Αποφάσεων),
β) το δίκτυο των παράκτιων σταθμών (κατ' εφαρμογή των άρθρων 5 και 8 του Ν. 3199/2003 (Α΄280) και του άρθρου 11 του Π.Δ. 51/2007 (Α΄54)),
γ) το Εθνικό Πρόγραμμα Συλλογής Αλιευτικών Δεδομένων (ΕΠΣΑΔ) (κατ’ εφαρμογή της Κοινής Αλιευτικής Πολιτικής της ΕΕ) και
δ) τις εθνικές υποδομές περιβαλλοντικής παρακολούθησης (δίκτυο ΠΟΣΕΙΔΩΝ), καθώς και διεθνή δίκτυα περιβαλλοντικής παρακολούθησης (δίκτυο MytiMED).