Tεράστια οικολογική απειλή για το νησί αποτελεί η παράνομη χωματερή στην περιοχή Μεταλλία της Μυκόνου. Σε μια έκταση αρκετών τετραγωνικών μέτρων, εδώ και χρόνια αποθέτονται ανεξέλεγκτα και χωρίς καμία απαγόρευση, μπάζα και κάθε λογής σκουπίδια με αποτέλεσμα να έχει δημιουργηθεί ένα βουνό απορριμμάτων που ξεπερνά σε ύψος τα 30 μέτρα.
Σύμφωνα με το mykonoslive.tv, η περιοχή έχει μετατραπεί σε στέκι Ρομά με σκοπό την συλλογή και μεταπώληση σκραπ.
Ο αυτοσχέδιος σκουπιδότοπος που λειτουργεί στα Μεταλλία απειλεί και το παράκτιο οικοσύστημα, καθώς μετά από μία δυνατή βροχόπτωση σαν αυτές που έπληξαν πολλές φορές φέτος την Μύκονο, τα απορρίμματα παρασύρονται από το νερό και καταλήγουν μέσα στη θάλασσα.