Ο Κυπαρισσιακός κόλπος έχει σημαντικό οικολογικό ενδιαφέρον (περιοχή Natura 2000) αλλά και με συνεχείς καταδίκες από το Ευρωδικαστήριο εις βάρος της Ελλάδας, για την πλημμελή προστασία του, ο οποίος απέκτησε τελικά Θεσμικό πλαίσιο προστασίας με την έκδοση Προεδρικού Διατάγματος.
